 | TECHNIQUE BIBLIOGRAPHIQUE DE BASE |
INTRODUCTION
C'est suite à la question d'un Confrère sur la signification de l'artère ombilicale unique publiée sur la liste de diffusion ECHOLIST, que j'ai eu l'idée de détailler la démarche bibliographique suivie pour argumenter ma réponse.
Cette newsletter devrait donc constituer le 1er chapitre d'un ensemble de publications consacrées à l'utilisation de l'informatique en échographie et qui s'intercaleront entre des numéros plus classiques.
Sous-réserve de demandes spécifiques (à m'adresser à l'adresse suivante : Dr J-M BRIDERON), les principaux sujets qui pourraient êtres traités seraient les suivants :
- Recherche bibliographique sur internet
- Epidémiologie et statistique de base adaptées à notre champ d'étude
- Capture, traitement, archivage, transmission des images
- Echanges, présentation de dossier, discussions médicales sur Internet
- Bases de la présentation en HTML ou avec le logiciel PowerPoint
- Aide à la décision, enseignement on line
- Etc
Une prochaine newsletter sera bien entendue consacrée spécifiquement à l'analyse des données bibliographiques recueillies sur l'artère ombilicale unique.
Pour ce numéro nous nous sommes volontairement limités à la description d'une recherche standard et simple et c'est dans un 2ème temps que nous irons un peu plus loin et que seront développées les autres possibilités de la recherche bibliographique sur Internet.
IL ETAIT UNE FOIS
Comme une bonne partie des lecteurs de cette newsletter, je suis abonné à ECHOLIST.
ECHOLIST est une mail-list ou liste de diffusion : chaque message électronique que vous adressez à ECHOLIST est envoyé automatiquement et personnellement à tous les abonnés de la liste.
C'est le même principe quand vous envoyez un mail à deux correspondants en même temps en utilisant le champ "cc" ou "cci" de votre logiciel de mail.
Les listes de diffusion sont assimilées à de la correspondance privée puisque l'abonné reçoit le message personnellement et directement dans sa boite aux lettres électroniques sans avoir besoin de se connecter sur un serveur extérieur comme c'est le cas pour les news (ou forum) du réseau usenet.
Pour utiliser ECHOLIST, réservée aux Professionnels de Santé intéressés par l'échographie gynéco-obstétricale, il suffit de s'y abonner : formulaire d'abonnement
L'Administrateur reçoit votre demande et la confirme en vous adressant un message de bienvenue qui vous présente les modalités d'utilisation de la liste.
L'une des spécificités les plus importantes d'ECHOLIST c'est qu'il est possible d'envoyer des pièces-jointes en même temps que vos contributions jusqu'à concurrence de 200 Ko.
Cela représente un gros paquet de pages au format "doc" ou "pdf" ou une dizaine de photos compressée au format JPEG : résumés d'EPU, publication originelle, clichés d'échographie, photos diverses, fichier de présentation PowerPoint, courtes séquences vidéo, etc
Les présentations de cas, les discussions sur la sémiologie, les plans de coupe, les conduites à tenir y sont de ce fait plus constructives et attrayantes.
LE FIL INITIAL
C'est donc le Dr Philippe VIGNAL, abonné d'ECHOLIST, qui a ouvert le bal sur l'artère ombilicale unique (AOU) :
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Vous remarquerez qu'en une journée tout était dit de la relation avec la T21 (nulle), avec les autres trisomies (18 +++) et surtout avec les malformations foetales :
- merci aux colistiers
- merci à ECHOLIST
- merci à Internet
- bravo pour la mise en commun des données.
Vous ne manquerez pas de noter également l'importante délocalisation géographique qu'autorise l'Internet faisant ainsi d'ECHOLIST la liste de diffusion de l'échographie gynéco-obstétricale francophone.
RECHERCHE BIBLIOGRAPHIQUE
Dans un 2ème temps il reste cependant nécessaire de reprendre les données pour confirmer les informations jetées sur la liste un peu rapidement, probablement entre deux actes, deux patientes, deux bouchées.
Il va donc falloir ouvrir les livres et surtout les études sur le sujet et perdre l'habitude de croire les gens sur parole quelques prestigieux soient-ils.
Il faut consulter les documents originaux pour vérifier :
- la validité de leur conclusion
- que celle-ci est extrapolable à notre activité, à notre patientèle, à notre problème particulier ?
Tout est sur internet et voici comment a été conduite cette recherche en 5 étapes.
1) PREMIERE ETAPE : site bibliographique
Je me suis connecté au site web PubMed de la National Medical Library pour accéder aux grandes bases de données bibliographiques dont la plus connue est MEDLINE (mais il y en a d'autres qui seront détaillées dans la 2ème partie)
PubMed a l'avantage sur d'autres sites d'autoriser des recherches exhaustives mais fines et précises moyennant le respect de quelques règles d'utilisation.
Quel que soit le site retenu, vous recherchez en fait toujours dans la même base de donnée (Medline le plus souvent). C'est uniquement l'interface graphique, la manière de rechercher ou de récupérer les données qui changent.
Petite remarque : la majeure partie des services proposés par PubMed nécessite que votre navigateur soit configuré pour autoriser l'enregistrement des cookies sur votre disque-dur : les cookies sont tout simplement des fichiers textes qui sont écrits par le serveur sur votre disque-dur et qui contiennent des informations à propos de votre connexion : date et durée, mémorisation de vos diverses stratégies de recherche, archivage momentané ou définitif des références des articles sélectionnés, etc.
Vous devez donc avoir l'adresse de PubMed dans vos favoris voire directement dans la barre des favoris pour un accès direct :
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/
2) DEUXIEME ETAPE : mots-clefs
Il faut maintenant déterminer les mots-clefs du sujet de recherche et les traduire en anglais.
Les choses sont assez simples avec l'artère ombilicale unique transformée en "single umbilical artery".
Une première demande ramène 244 publications (27/5/01) : c'est beaucoup et il faut à l'évidence modifier les modalités de recherche.
Quand vous remplissez le champ de saisie, PubMed le modifie automatiquement en arrière plan pour créer ce qu'on appelle une équation de recherche.
Cette équation de recherche n'est autre que les termes que vous avez rentrés associés à un certain nombre d'indicateurs de signification appelés tag.
Les tags permettent à PubMed de déterminer le type d'information auquel se rapporte votre demande :
- un mot du titre
- un mot du résumé
- un nom de revue
- un nom d'auteur
- une date de publication
- un classificateur de sujet médical
- etc
Dans notre cas, comme nous n'avons rien précisé, PubMed a lancé une recherche générale pour tous les types d'information (le tag est de type [All Fields]) en créant automatiquement l'équation de recherche : "single umbilical artery [All Fields]".
3) TROISIEME ETAPE : affiner
L'un des intérêts de PubMed est de permettre des sélections très fines par l'intermédiaire entre autres des tags.
Un des seuls tags de base à bien connaitre est celui des Medical Subjects Headings ou [MeSH].
Sur Medline, toutes les publications proposées sont relues manuellement et se voient attribuer plusieurs MeSH en fonction de leur domaine d'application.
Comme ce qui nous intéresse c'est l'étude de l'AOU lors de l'échographie prénatale, j'ai rajouté le Medical Subject Heading spécifique à ce domaine médical : "ultrasonography, prenatal".
Pour préciser au logiciel de recherche que "ultrasonography, prenatal" est un MeSH et non un mot présent dans le résumé ou le titre comme "single umbilical artery", il ne faut pas oublier de rajouter le tag [MeSH] et le mot AND entre les deux groupes de mots-clefs : "single umbilical artery AND ultrasonography, prenatal [MeSH]".
En pratique le MeSH "ultrasonography, prenatal" sera très souvent utilisé dans toutes nos bibliographies :
La recherche ramena cette fois-ci 61 références seulement (au 27/5/01).
Vous remarquerez, à titre d'exemple, que le titre de la deuxième référence bibliographique ne contient pas le mot-clef "single umbilical artery" qui doit être plus que probablement cité dans le résumé.
C'est normal puisque nous n'avons pas utilisé de tag spécifique et que le serveur a effectué une recherche globale.
Dans le prochain infobulletin nous verrons comment affiner notre sélection.
4) QUATRIEME ETAPE : récupérer
Il est fastidieux de lire les résumés de 60 publications on-line. Il faut donc sauvegarder le fruit de notre recherche.
Je ne ferai qu'évoquer la sauvegarde dans le presse-papier (clipboard) de PubMed. Elle est temporaire (1h) et sera perdue dès que vous quitterez PubMed volontairement ... ou non.
PubMed offre 3 possibilités de sauvegardes pérennes et universelles :
- le fichier texte ou la technique du copier-coller
- la mémorisation de l'adresse de la page sélectionnée (URL) comme un banal favori
- le logiciel de gestion de bibliographie
Il est bien entendu toujours possible par ailleurs, si votre navigateur le permet (Internet Explorer), d'effectuer une sauvegarde directe de la page web que vous êtes en train de consulter avec la fonction d'enregistrement.
1) le fichier texte :
- il faut commencer par régler l'affichage :
- sélectionner "100" avec le menu déroulant "show" : vos 60 références s'afficheront sur une seule page
- sélectionner le format "Abstract" ou "Medline" : ce qui affichera le titre et surtout le résumé de la publication
- cliquer sur "Display".
- après affichage de vos résumés sur une seule page il ne suffira plus que de cliquer sur le bouton "text" pour que PubMed affiche toutes les publications au format texte, simple, sans icône, sans lien hypertexte, sans bouton et sans bannière
- il suffit ensuite de faire une sauvegarde sur votre disque-dur de ce fichier ou d'en faire un copier-coller dans votre traitement de texte usuel.
- vous pouvez plus simplement sélectionner tout simplement toute la page et effectuer un banal copier-coller directement dans votre traitement de texte : un nettoyage secondaire du texte sera alors nécessaire.
2) Vous pouvez également cliquer sur le bouton "détail" puis sur celui marqué "url". PubMed affichera de nouveau votre sélection avec en plus, l'adresse internet (URL) à laquelle vous pourrez retrouver vos 60 résumés : URL de la sélection. En sauvegardant cette adresse comme celle de n'importe quelle page web vous pourrez ultérieurement retrouver simplement et directement votre sélection d'articles sans avoir besoin de retrouver votre équation de recherche.
La 3ème stratégie de sauvegarde est plus complexe et nécessite d'utiliser un logiciel de gestion de bibliographie comme EndNote (compatible PC/Mac). Nous y reviendrons dans une prochaine newsletter.
CONCLUSION
En 2001, il paraît difficile de ne pas se référer aux études scientifiques, que ce soit face aux Confrères, aux Juges et, de plus en plus, aux patientes.
Ces publications permettront d'envisager, ou pas, une extrapolation à l'activité du Praticien, fondement de la médecine scientifique.
J'ai tenté de présenter une procédure d'acquisition de données en 4 points, utilisable à partir de n'importe quel équipement et standard informatique :
| 1 | Sélectionner | la Bibliothèque |
| 2 | Définir | les mots-clefs |
| 3 | Affiner | l'équation de recherche |
| 4 | Récupérer | les références |
Sans méconnaître d'autres possibilités de travail, il semble tout aussi important de connaître cette technique en 4 points que la sémiologie d'un syndrome d'Arnold-Chiari.
J'espère que les Directeurs d'enseignement des divers modules spécifiques à notre champ d'intérêt ont intégré cette nécessité dans leur programme.
La Faculté est loin pour beaucoup d'entre nous et nos jeunes et futurs successeurs ne sont pas forcément des rats de bibliothèque ayant d'autres choses plus prioritaires à apprendre.
J'espère que cette modeste mise au point introductive aidera les Confrères dans le développement et la solidité de leur argumentation médicale et in fine dans la promotion de la médecine par les faits (EBM : Evidence Based Medecine).
Cette nouvelle technique bibliographique quasiment en instantanée leur permettra au moins de répondre à la question : les données de tel ou tel auteur sont-elle extrapolable à mon problème ?
Une prochaine newsletter présentera les techniques complémentaires à cette recherche bibliographique de base.
CONVENTIONS
AOU : artère ombilicale unique / MeSH : Medical Subject Heading / EBM : Evidence Based Medecine
Par le Dr J-M BRIDERON (MD) le 5/06/2001 : jmbr@wanadoo.fr